در سومین اجلاسیه نشریات علمی جامعةالمصطفی از نشریات علمی برتر المصطفی تقدیر شد.
مجله «مطالعات قرائت قرآن» دوفصلنامه علمی- پژوهشی بینرشتهای است که به انتشار مقالات پژوهشی اصیل، مقالات مروری و دیگر انواع پژوهشها به زبان فارسی (با چکیده و منابع انگلیسی) با رعایت اصول اخلاق پژوهشی و ضوابط دانشگاهی اختصاص دارد.
مجله قرآن و علم «The Quran and Science» دوفصلنامه علمی و پژوهشی در رشته علوم انسانی است که مقالات علمی، پژوهشی و مروری به زبان فارسی به همراه چکیده انگلیسی مبسوط در حوزههای معجزات در علوم انسانی و علوم طبیعی، تفسیر علمی منتشر میکند.
یازدهمین شماره نشریه علمی تخصصی «تحقیقات قرآنی حدیثی» به همت انجمن علمی پژوهشی علوم قرآن و حدیث مجتمع آموزش عالی بنت الهدی، ویژه سال 1404 منتشر شد.
شمارۀ نهم دوفصلنامۀ «یافتههای تفسیری» در ادامه فعالیت های تحقیقی نمایندگی جامعة المصطفى افغانستان در بهار و تابستان سال 1404 منتشر گردید.
شماره 15 دوفصلنامه علمی _تخصصی «تعلیم و تربیت» به زبان اردو از سوی انجمن فقہ تربیتی مجتمع آموزش عالی فقه منتشر شد. این نشریه با هدف ارتقای سطح علمی پژوهشگران در عرصه مقالات علمی در حوزه تعلیم و تربیت منتشر شد.
شماره 30دوفصلنامه علمی _تخصصی «گفتمان فقه تربیتی» از سوی انجمن فقه تربیتی مجتمع آموزش عالی فقه منتشر شد.
مجله «گفتمان حقوق اسلامی معاصر» با صاحبامتیازی مجتمع آموزش عالی علوم انسانی اسلامی جامعة المصطفى العالمية، موفق به دریافت رتبه علمی پژوهشی(ب) از کمیسیون نشريات علمی وزارت علوم تحقیقات و فناوری شد.
به همت معاونت پژوهش جامعةالمصطفی خراسان با همکاری انجمن فقه و معارف اسلامی خواهران چهاردهمین شماره نشریه «مطالعات فقهی» این نمایندگی ویژه بهار و تابستان ۱۴۰۴ منتشر شد.
نشریه «قرآن پژوهی خاورشناسان» وابسته به جامعه المصطفی العالمیة مجتمع آموزش عالی قرآن و حدیث، بر اساس ارزیابی کمیسیون نشریات علمی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در سال ۱۴۰۳، موفق به کسب رتبۀ علمی «الف» شده است.