وی شیوه دوم را شیوه تأیید و تکمیل دانست و با بیان این که در این رویکرد نتایج علوم انسانی رایج، عموماً مورد قبول قرار می گیرد؛ ولی تکمیل و جهت‌دهی آنها توسط مفاد قرآن مد نظر می‌باشد، اظهار داشت: در این رویکرد قرآن، صرفاً تکمیل و جبران نواقص دستاوردهای عقل و تجربه مستقل بشری را می‌تواند انجام دهد.

استاد جامعه المصطفی در تبیین سومین شیوه، به موضوع شیوه داوری و تهذیب اشاره نمود و ابراز داشت: در این رویکرد دستاوردهای علوم انسانی متداول، تنها به شرطی مورد قبول خواهند بود که از محک داوری نهایی و تایید توسط قرآن سربلند بیرون آیند.

وی خاطرنشان کرد: فرضیه انگاری تعالیم قرآن را از دیگر شیوه های تحقق مرجعیت علمی قرآن برشمرد و اذعان داشت: این رویکر با عنایت به لزوم تکیه علوم انسانی بر ملاک های عقلی و تجربی(فرادینی)، پیشنهاد می کند تعالیم قرآنی مربوط به حیطه علوم انسانی به مثابه فرضیات قابل آزمون عقلانی و تجربی تلقی گردند و پس از تأیید، مبنای تکوین نظریه در علوم انسانی قرار گیرند.

حجت الاسلام والمسلمین صاعد رازی، شیوه تأثیر غیر مستقیم و عدم مداخله را از دیگر روش های عنوان کرد و ابراز داشت: این رویکرد با تفکیک مقام کشف از مقام داوری، تأثیرگذاری تعالیم قرآنی را تنها در مقام کشف، آن هم به صورت غیر مستقیم به لحاظ نقش طبیعی جهان بینی و نظام ارزشی هر عالم در فعالیت علمی او می پذیرد و تأکید می کند که با تربیت عالم دیندار معتقد و مسلط بر مبانی و معارف قرآنی، لاجرم فرضیه علمی متناسب با این مبانی در ذهن عالم پرداخته خواهد شد و لازم نیست در مقام داوری، قرآن هیچ نقشی ایفا کند.

وی شیوه تکیه بر پیش‌فرض‌های قرآنی برای تأسیس علوم انسانی دینی را دیگر روش های تحقق مرجعیت علمی قرآن دانست و تصریح کرد: این رویکرد با توجه به نقش مباحث متافیزیکی بر نحوه تولید علم، بر آن است که با انتخاب و التزام به پیش فرض های متافیزیکی برگرفته از قرآن، در جریان تولید نظریه های علوم انسانی و ایفای نقش الهام بخشی مثبت و منفی توسط آن در مراحل گوناگون تولید علم(از شناخت و تبیین مساله تا تفسیر داده ها و …) بویژه در مرحله الهام بخشی فرضیه های متناسب با این پیش فرض های قرآنی، می توان در مقام داوری این فرضیه های الهام گرفته از پیش فرض های قرآنی را محک آزمون تجربی و عقلانی قرار داد.

استاد جامعه المصطفی در بخش پایانی سخنان خود با تاکید بر این که رویکرد مطلوب در ارتباط معرفتی علوم انسانی با تعالیم قرآنی است، تصریح کرد: تولید علوم انسانی با پشتوانه تعالیم بنیادی قرآن به مثابه مفروضات نظری؛ نظریه پردازی در حوزه علوم انسانی با تکیه بر تعالیم قرآنی و با استفاده از یافته های سایر علوم در چارچوب تعالیم بنیادی قرآن و آزمودن نظریه های حاصل این ارتباط بر اساس تناسب با تعالیم بنیادی و علمی اسلام علاوه بر داوری آنها بر اساس معیارهای فرادینی است.