موزه پژوهشکده حج و زيارت، در ۵ بخش زیر سامان يافته است:
قرآنهاى خطى، چاپ سنگى و چاپى؛
اشياى اهدايى به نمايندگان محترم ولى فقيه در امور حج و زيارت؛
تابلوخطها و تابلوفرشها با موضوع حج و زيارت؛
عکسها و تصاوير قديمى از حرمين شريفين؛
ماکت (نمونک) مدينه الرسول.
Δ