از جمله موانع مهم وحدت حوزه و دانشگاه هم کماکان آشنا نبودن جمع زیادی از دو طرف با یکدیگر و ظرفیت نهاد مقابل است. کلیشههای ذهنی میتواند به عنوان مانعی جدی برای وحدت این دو قشر عمل کند.